Имя Ганька — просторечная, обиходная форма крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского оно означает «божественный воин» или «моя сила — Бог». Фамилия Ганькин образована от этой формы по стандартной русской модели: к основе имени добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Сначала Ганькиным называли сына, внука или человека из семьи Ганьки, а затем фамилия закрепилась и передавалась по наследству.

В русском языке имя Гавриил дало целый ряд производных форм: Гаврила, Гаврик, Ганя, Ганька, Ганечка. Фамилия Ганькин стоит в одном ряду с Гавриловым, Гаврилиным, Ганиным — все они восходят к одному источнику, но закрепились за разными ветвями рода. Выбор именно формы Ганька говорит о бытовой, неофициальной среде: так могли звать в семье или в деревне, где имя сокращали для простоты и ласкового обращения.

Потомок человека по имени Ганька со временем и получил фамилию Ганькин. Распространена она в центральных и северных областях России, где имя Гавриил было особенно популярно. Встречается также у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы личных имён. Никакого отношения к слову «ганьба» (позор) фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение, которое может ввести в заблуждение.