Фамилия Ганковский — типичный представитель польской и западнорусской модели образования фамилий на -ский/-цкий. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на отца (Иван → Иванов), окончание -ский в этой модели чаще всего привязывало человека к месту. То есть Ганковский — это «тот, кто из Ганкова» или «господин из Ганково».

Географическая основа здесь — топоним Ганково или Ганков. Такие названия встречаются в Польше (например, Gankowo в Поморском воеводстве), на территории современной Беларуси и на западе России. Корень, скорее всего, восходит к слову «ганок» — в польском и белорусском диалектах так называли крыльцо, приступок, небольшую пристройку к дому. Или, что тоже вероятно, к личному имени Ган (сокращение от Ганс, польская форма имени Ян, то есть Иван). Тогда Ганково — это «поселение людей Гана», а Ганковский — выходец оттуда.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с немецким Gank (шаг, ход) или с глаголом «гать» (мостить дорогу). Для польско-белорусской среды объяснение через «ганок» (крыльцо) или имя Ган выглядит естественнее.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Ганковский в Российской империи относились к мелкопоместной шляхте или к однодворцам — потомкам служилых людей, записанных в крестьянское сословие, но сохранивших фамильные прозвания. Встречается фамилия и в среде православного духовенства, где фамилии на -ский давали по названию села или храма.

В современной России Ганковские рассеяны, но заметное число носителей фиксируется в Брянской, Смоленской и Псковской областях — то есть в регионах, исторически тяготеющих к польско-литовскому пограничью. На Украине фамилия тоже встречается, но реже.

Таким образом, Ганковский — фамилия, которая почти наверняка говорит о географическом происхождении предка: он был человеком из места с названием Ганково. А само это название, скорее всего, пошло либо от имени первопоселенца Гана (Яна), либо от характерной детали местного быта — крыльца-ганка.