Фамилия Ганкова — женская форма, а её носительница, скорее всего, происходит из семьи, где мужчину звали Ганков. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Ганко. Это уменьшительно-ласкательная форма от одного из крестильных имён: Агафон (в народном произношении часто звучало как Ган, Гапон), Аггей (Гагей) или даже Иоанн (в украинском и белорусском варианте — Іван, где «Г» могло появиться как протеза перед гласным). В любом случае, суффикс -ко типичен для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии: он указывал на молодого человека или сына (Ганко буквально «маленький Ган» или «сын Гана»).

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Ганк- добавили суффикс -ов, что означает принадлежность. Ганков — это «чей?» — сын Ганка, человек из рода Ганка. Форма Ганкова, таким образом, указывает на жену или дочь такого человека. В документах эта фамилия могла закрепиться как в мужском, так и в женском варианте, но в современном употреблении женская форма склоняется по правилам прилагательных.

Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины. Встречается она и у старообрядцев, которые иногда сохраняли архаичные прозвища. Есть версия, что в редких случаях Ганко могло быть не личным именем, а прозвищем от диалектного глагола «ганкать» (кричать, громко звать) — тогда предок носителя мог быть зазывалой или глашатаем. Однако эта гипотеза менее убедительна, поскольку суффикс -ко в фамилиях чаще прикрепляется к личным именам, а не к глагольным основам.

Среди однокоренных фамилий — Ганкин, Ганьков, Ганюков, где меняется суффикс или конечная согласная основы. Все они восходят к тому же корню, что и Ганкова, и различаются лишь региональными особенностями произношения и оформления. Таким образом, носительница фамилии Ганкова почти наверняка имеет предков из южнорусских или украинских земель, а её родоначальник носил уменьшительное имя от одного из распространённых христианских имён.