Основой фамилии Ганкович послужило мирское имя Ганя. Возможно, фамилия Ганкович происходит от прозвища Гана из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия Ганкович была образована от имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин».