Фамилия Ганков происходит от прозвища Ганок. В словаре Владимира Даля «ганка» — это точеный брусок для перил или строганый для палисадника, а также крыльцо с навесом и перилами у входа в избу. Исходя из этого, основатель рода Ганков скорее всего был плотником: такой человек либо делал ганки (перила, балясины), либо жил в доме с заметным крыльцом. Прозвище Ганок закрепилось за ним, а его потомки стали Ганковыми.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Ганка). Ударение в фамилии чаще всего падает на первый слог: Га́нков.

В говорах слово «ганок» могло означать и нечто иное. В некоторых регионах «ганком» называли поднос или лоток — это тоже могло стать прозвищем торговца. Однако версия с плотницким делом выглядит убедительнее: бытовые детали дома (крыльцо, перила) часто давали прозвища в крестьянской среде.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её связь с плотницким ремеслом — в этих краях деревянное строительство было особенно развито. Интересно, что в белорусском и украинском языках «ганок» — это именно крыльцо, что указывает на возможное западнорусское происхождение фамилии.

В документах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Ганок, но прямой связи с современной фамилией Ганков проследить невозможно. Известных носителей фамилии, вошедших в крупные энциклопедии, нет — это рядовая русская фамилия, типичная для ремесленной среды.