Фамилия Гранкины образована от имени Гранка — производной формы имён Гран и Граня. А те, в свою очередь, — просторечные варианты крестильного имени Евграф (Евграфий). С греческого оно переводится как «писаный красавец» или «благонаписанный». Имя было редким, но в просторечии его сокращали до Граня, а ласкательная форма Гранка дала начало фамилии.

Покровитель имени — святой мученик Евграф, пострадавший за веру вместе со святыми Миной и Ермогеном при императоре Максимиане (305–313 годы). Фамилия закрепилась по типичной русской модели: от имени Гранка через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гранки). Так потомки человека по имени Гранка со временем стали Гранкиными.

Фамилия редкая, поэтому её география узкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, где имя Евграф было более употребительно. В отличие от распространённых фамилий на -ов, форма на -ин подчёркивает, что основа оканчивалась на -а, что характерно для прозвищ и уменьшительных имён. Сравните с однокоренными: Гранёв, Граничев — они образованы от той же основы, но по другим моделям. Гранкины сохранили именно ласкательный вариант, что говорит о бытовом, неофициальном происхождении прозвища.