Фамилия Гунькина образована от прозвища Гунька, которое восходит к существительному «гуня». Гуней в старину называлась ветхая худая одежда, лохмотья. Поэтому можно предположить, что прозвище Гунька указывало на социальное положение или особенности поведения предка Гунькиных. Менее вероятна связь прозвища Гунька с прилагательным «гунявый», то есть «лысый, плешивый». Согласно еще одной гипотезе, фамилия Гунькина происходит от имени Гунька, краткой форме древнееврейского имени Гуний, котрое восходит к основе «гуни» - «расписанный, раскрашенный». Первые документальные упоминания о родственных фамилиях датируются XVI веком. Так, из письменных источников известен конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин (1573 год). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гунька, со временем получил фамилию Гунькина.