Фамилия Гунькина — женская форма фамилии Гунькин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Гунька. Эта фамилия относится к древнему и распространённому типу русских фамилий, которые возникали из обиходного имени или прозвища предка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гунькина буквально значит «дочь (или жена) Гуньки».

Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище Гунька со словом «гуня». В старину гуней называли ветхую, худую одежду, лохмотья, а также нечто изношенное и жалкое. Прозвище Гунька могли дать человеку, который ходил в обносках, или, напротив, тому, кто шил или чинил такую одежду. В любом случае, прозвище указывало на внешний вид или род занятий, а не на характер.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с прилагательным «гунявый» — так в диалектах говорили о лысом, плешивом человеке. Если принять эту версию, Гунька — прозвище по заметной внешней примете.

Третья гипотеза выводит фамилию от древнееврейского имени Гуний, где основа «гуни» значит «расписанный, раскрашенный». Гунька могла быть краткой формой этого имени, но такая версия кажется натянутой: краткие формы древнееврейских имён в русской среде обычно оканчивались на -а или -я (например, Гаврила, Данила), и звучание «Гунька» для них нетипично. К тому же имя Гуний — редкое, почти не встречается в православных святцах, что делает эту версию сомнительной.

Первые документальные упоминания родственных фамилий относятся к XVI веку. Из письменных источников известен конюх Ивана Грозного Девятко Семенов Гунин (1573 год). Эта запись показывает, что уже в то время прозвище Гуня (Гунька) бытовало среди служилых людей. Фамилия Гунькина, скорее всего, оформилась чуть позже, когда к основе Гуньк- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин.

Таким образом, фамилия Гунькина — один из вариантов фамилий, образованных от прозвищ, описывающих внешность или социальное положение. Её носительница в прошлом — потомок человека, которого окружающие знали как Гуньку.