Фамилия Гунькова — это типичная русская фамилия, образованная от прозвища через суффикс принадлежности -ов. В основе лежит прозвище Гунек, а суффикс -ов указывает на то, что речь идет о «сыне Гунька» или «потомке человека по прозвищу Гунек». Само прозвище неоднозначно, и у исследователей есть как минимум две версии его происхождения.

Первая версия отсылает к глаголу «гунить». В словаре Владимира Даля «гунить» означает «говорить, сказывать». Если следовать этой логике, то Гунек — это говорун, рассказчик, возможно, сказитель былин или балагур. В крестьянской среде这样的人 (такой человек) выделялся среди соседей, и прозвище закреплялось за ним и его семьей.

Вторая версия связывает прозвище с существительным «гунка». В некоторых русских говорах так называли женскую юбку, паневу или запаску. В этом случае прозвище Гунек мог получить портной, который шил такую одежду, или торговец, который ею торговал. Прозвища по роду занятий — один из самых распространенных источников русских фамилий, поэтому эта версия не менее правдоподобна.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — от глагола «гунить» — встречается в ономастических работах чаще. Важно, что в любом случае фамилия Гунькова — не книжного, а бытового происхождения. Она возникла в среде, где человека называли не по крестильному имени, а по заметной черте характера или профессии. Со временем прозвище Гунек превратилось в фамилию, которая передавалась уже как родовое имя, храня память о своем первом носителе.