Фамилия Гуньковская — женская форма фамилии Гуньковский, и её происхождение стоит искать в двух направлениях: географическом и прозвищном. Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия образована от названия места — скорее всего, от топонима Гуньково или Гуньковка. Такие названия не редкость на карте России, Украины и Беларуси: деревни и хутора с корнем «гунь-» встречаются в Смоленской, Тверской, Витебской областях. Человек, чьи предки носили фамилию Гуньковский, в большинстве случаев происходил из такого села — это типичная «географическая» фамилия для дворянства, духовенства или мещан, которым давали фамилию по месту службы или владения.

Второй, более редкий, вариант — основа «гунька». В русских говорах «гунька» или «гуня» означала ветхую, худую одежду, рубище, а также небрежного, неряшливого человека. В словаре Даля «гуня» — это и старая одежда, и в переносном смысле — плохой работник. Если фамилия пошла от прозвища Гунька, то её носитель мог получить её за манеру одеваться или за характер. Однако суффикс -ск- в этом случае менее типичен: прозвищные фамилии чаще образуют на -ов или -ин (Гуньков, Гунькин). Поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель проста: корень «гунь-», суффикс -к- (уменьшительный или принадлежностный), затем типичный для польской и западнорусской традиции суффикс -овск-/-евск-, который в русском языке адаптировался как -овский. Фамилия Гуньковская — «та, что из Гунькова». Она не несёт сословной окраски: её могли носить как крестьяне, переехавшие в город и получившие фамилию по деревне, так и мелкопоместные дворяне.

В исторических источниках фамилия не слишком распространена. Она встречается в ревизских сказках и метрических книгах XIX века преимущественно в западных губерниях — Могилёвской, Витебской, а также на Смоленщине. Это подтверждает её «пограничное» происхождение: суффикс -ский в этих краях активно использовался под польским влиянием. Если ваши предки — Гуньковские, скорее всего, их корни уходят в одно из сёл с названием Гуньково, и фамилия просто указывает на малую родину, которую они покинули.