Фамилия Гуньков образована от прозвища или нецерковного имени Гунька. Основа здесь — слово «гуня» (или «гуни»), которое в старых русских говорах имело несколько значений. Чаще всего гуней называли худую, ветхую или поношенную одежду, рубище, отрепье. В этом случае Гунькой могли прозвать человека, который ходил в обносках, или, напротив, того, кто такую одежду чинил или продавал. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «гуня» означала «ворчун», «брюзга» — так могли дать прозвище недовольному, постоянно ворчащему человеку. Третье, менее распространённое толкование связывает слово с «гунеть» — говорить невнятно, гнусавить, отсюда Гунька — картавый или гугнивый.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Гуньков — сын Гуньки. Фамилия закрепилась в северных и центральных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях, где диалектное слово «гуня» было в ходу. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим именем-прозвищем — например, Гунька Фёдоров из Устюжского уезда (1623 год). Интересно, что фамилия Гуньков стоит в одном ряду с однокоренными Гуняевым, Гункиным и Гунькиным, но отличается именно суффиксом -ов, который стал самым массовым в русской антропонимии.

Редкая деталь: в некоторых старообрядческих средах «гуня» имела переносное значение — «скиталец», «бедняк», что могло указывать на происхождение предка из беспоповских общин, где прозвища часто отражали социальный статус. Сословно фамилия не была аристократической: Гуньковы — почти всегда крестьяне или мещане, и в дворянских родословных книгах она не значится.