Фамилия Гунжафов — относительно редкая, и её происхождение напрямую связано с географией и этническим составом Кавказа. В основе фамилии лежит мужское личное имя Гунжаф (варианты произношения: Гюнжаф, Гюнжав). Это имя, скорее всего, имеет иранские (татские) или тюркские корни, что типично для народов Дагестана и Азербайджана. Сложно утверждать наверняка, но можно предположить, что в основе лежит слово «гюн» или «гун» (солнце, день) и «жаф» (возможно, от арабского «жафар» — ручей, или искажённое «джафар»). В таком случае имя могло означать «солнечный Джафар» или «светлый, как день».

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, которая закрепилась у многих народов Кавказа в XIX–XX веках. Это не значит, что носитель фамилии русский: просто при документальном оформлении (в метриках, паспортах, во время переписей) к отцовскому имени добавили стандартный русский патронимический суффикс. То есть Гунжафов — буквально «сын Гунжафа». Первоначально фамилия бытовала в среде лезгин, татов, горских евреев или азербайджанцев, но точную этническую привязку без генеалогического исследования конкретной семьи установить трудно.

Сама фамилия не связана с каким-либо ремеслом или прозвищем — она чисто патронимическая. Это значит, что предок носителя был обычным человеком, которого в общине знали по имени Гунжаф. Никакого сословного или социального подтекста в фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и зажиточные горожане. Встречается она преимущественно в южных регионах России — в Дагестане, Ставропольском крае, а также в Азербайджане.

В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Гунжафов, Гунжафова, Гунжафову и так далее. Женский вариант — Гунжафова — не склоняется, если речь о замужней женщине (в бытовом общении часто оставляют в исходной форме). Из-за редкости фамилии никаких «известных носителей» в общероссийском масштабе нет, но для локальных сообществ — особенно в горных районах — она может быть хорошо узнаваемой и указывать на принадлежность к определённому роду или тухуму.