Фамилия Гупенец — редкая и звучит необычно для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно в первую очередь обратить внимание на суффикс и географию. Модель образования «-ец» в русских фамилиях чаще всего указывает на происхождение от названия места: так появлялись фамилии вроде Ростовец, Тамбовец, Костромич. Следовательно, Гупенец — это, скорее всего, выходец из населённого пункта с корнем «Гуп-». Таких топонимов в России и сопредельных славянских землях немного, но они есть. Например, в Беларуси существует деревня Гупени (Могилёвская область), а на Украине — село Гупівка (Гуповка). Жителя или уроженца такого места и называли «гупенец» — «тот, кто из Гупени».

Корень «гуп-» в славянских языках тёмный и неочевидный. Он может восходить к диалектному слову со значением «горб», «выпуклость», «шишка» (сравните с чешским «huba» — гриб, или польским «gęba» — рот, морда). В этом случае прозвище Гупень могли дать человеку с заметной внешней особенностью — например, с горбинкой на носу или с крупными губами. Однако учитывая, что фамилий на «-ец» от прозвищ в чистом виде образуется значительно меньше, чем от названий мест, версия с географическим происхождением выглядит предпочтительнее.

Суффикс «-ец» в этой фамилии не уменьшительно-ласкательный и не патронимический (как «-ович»). Он выполняет функцию катойконима — обозначения человека по месту жительства. Такая модель была особенно распространена в западных и южных регионах России, а также в Беларуси и на Украине, где фамилии с этим суффиксом встречаются гораздо чаще, чем на севере. Это косвенно подтверждает связь Гупенец именно с белорусскими или украинскими корнями.

Интересно, что фамилия практически не встречается в старых дворянских родословных книгах и не фиксируется в крупных исторических справочниках боярских родов. Это говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Носители фамилии — потомки простых людей, чьих предков когда-то назвали по деревне, в которой они жили. Поскольку деревня Гупени — небольшая, фамилия осталась локальной и не получила широкого распространения. Сегодня Гупенец — штучная, редкая фамилия, и её носители, вероятно, до сих пор живут преимущественно на западе бывшей Российской империи.