Фамилия Гылкэ — яркий пример того, как географическая привязка и языковые особенности предков определяют звучание современной фамилии. Она совершенно нехарактерна для центральной России и почти наверняка имеет молдавское или румынское происхождение. В основе лежит слово «gîlcă», которое в румынском языке означает «шишка», «желвак», «нарост» или «комок». Это прозвище, данное человеку по внешней примете — например, из-за заметной шишки на теле, выпуклого лба или плотного, коренастого телосложения. В переносном смысле так могли назвать и упрямого, «шишковатого» человека, с которым трудно договориться.

Словообразовательная модель здесь проста: основа «гылк» (румынское gâlc) плюс окончание «-э», которое в румынском языке является одним из стандартных показателей женского рода в именительном падеже. Однако в фамилиях такое окончание может быть и «застывшей» формой, не указывающей на пол носителя, — для восточнороманских языков это обычная практика. Фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что сразу выдает её немосковское происхождение. Наиболее вероятный ареал бытования — Молдавия, а также прилегающие районы Украины (Одесская, Черновицкая области) или Румынии.

В русском языке фамилия сохранила своё исходное написание, близкое к кириллической транскрипции румынского слова. Вариантов ударения два: на первый слог (Гы́лкэ) — ближе к румынскому произношению, или на последний (Гылкэ́) — под влиянием южнорусских говоров. Встречаются искажённые формы вроде «Гылко» или «Гылка», но они фиксируются реже.

С точки зрения социального портрета, предки носителей фамилии Гылкэ были, скорее всего, крестьянами или мелкими ремесленниками из сельской местности. Фамилия не принадлежала к дворянским или боярским родам — в Молдавском княжестве аристократия чаще носила фамилии на -еску, -ану или -яну. Встречается она и у гагаузов — тюркоязычного народа, исторически проживающего на тех же территориях, что и молдаване, что добавляет ещё один возможный культурный слой.