Фамилия Гымнинова с большой вероятностью образована от мужского имени или прозвища Гымнин, а то, в свою очередь, — от слова «гымна», которое в диалектах русского Севера и Сибири означало «гумно», то есть сарай для сена или место для молотьбы. Если это так, то прозвище Гымнин мог получить крестьянин, работавший на гумне или владевший им, — в сущности, аналог фамилий Гуменников, Гумнов.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гымнина, то есть сын или потомок Гымнина. В русской ономастике эта модель типична для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Однако здесь есть особенность: фамилия Гымнинова — женская форма, а мужская, Гымнинов, встречается крайне редко. Это наводит на мысль, что в основе мог лежать нестандартный вариант имени или фамилия фиксировалась в женском роде из-за особенностей документооборота (например, запись по материнской линии).

Другая, менее вероятная версия связывает основу с тюркским словом «гымны» — «обида, оскорбление», но для Сибири, где фамилия встречается чаще (Бурятия, Забайкалье), более правдоподобно севернорусское диалектное происхождение. Бурятские фамилии часто заимствовали русские модели, и Гымнинова могла возникнуть на стыке культур: русское слово «гумно» через местное произношение дало «гымна», а затем фамилию. В любом случае, это редкая фамилия, не попавшая в массовые справочники, и её носители, вероятно, происходят из крестьянской среды восточных регионов России.