Фамилия Гыргенова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Её основа, «гырген», с высокой долей вероятности восходит к тюркскому корню, а именно к диалектному варианту слова «кюркен» или «гюрген» — так в ряде тюркских языков (например, в кумыкском и ногайском) называют индюка или индейку. Прозвище Гырген, таким образом, могли дать либо человеку с повадками этой птицы — важному, надутому, либо тому, кто разводил индюков и торговал ими.

Суффикс «-ов» в женском варианте фамилии указывает на русскую модель образования: Гыргенов — «сын Гыргена», а Гыргенова — его дочь или жена. Это говорит о том, что фамилия оформилась уже в русскоязычной среде, скорее всего, в XIX веке, когда представители тюркских народов Северного Кавказа и Поволжья получали российские фамилии по отчеству. Сама фамилия могла возникнуть в среде кумыков, ногайцев или карачаевцев, а затем распространиться среди терских и ставропольских казаков, которые нередко женились на местных женщинах или перенимали прозвища.

Менее убедительная, но возможная версия связывает «гырген» с монгольским «гэргэн» — «супруга» или «замужняя женщина». Однако в этом случае фамилия должна была бы писаться с иным ударением и скорее отражать социальный статус, а не прозвище. К тому же монгольское влияние на русские фамилии крайне ограничено и проявляется в основном в бурятской среде, где эта фамилия не зафиксирована.

В отличие от многих фамилий с прозрачной славянской этимологией, Гыргенова не имеет параллелей в центральной России. Её носители сегодня встречаются в основном в Ставропольском крае, Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Это сужает поиск: предки человека с этой фамилией, скорее всего, жили в зоне контакта тюркских народов и русского казачества, занимались скотоводством или птицеводством. Фамилия осталась локальной, не превратилась в массовую и не утратила связи с исходным прозвищем.