Фамилия Гыргенов образована от личного именования Гырген, которое, скорее всего, восходит к бурятскому слову «girgen» — «зять» или «жених». Поэтому исходное прозвище указывало на семейное положение человека: так могли назвать мужчину, который приходился кому-то зятем, или молодого человека на выданье. Со временем это именование закрепилось за потомками в форме Гыргеновы.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий, возникших на территории Бурятии и соседних регионов: к основе Гырген прибавили патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Такой способ образования фамилий в среде бурят, переходивших на русские фамильные модели, встречается часто — достаточно вспомнить похожие фамилии вроде Батуев, Цыденов или Доржиев.

Географически фамилия Гыргенов тяготеет к Бурятии и Забайкальскому краю. Встречается она и в других регионах России, но именно здесь её корни наиболее очевидны: бурятское слово «гэргэн» (в современном произношении) до сих пор означает «супруг» или «женатый мужчина». В русских переписях и документах XIX века такое именование могли записать со слуха, поэтому возможны варианты написания — Гыргенов, Гиргенов, Гергенов, но основной и самый распространённый — с буквой «ы» в первом слоге.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Гыргенов стоит в одном ряду с Бадмаевыми, Гармаевыми, Улановыми — все они образованы от бурятских имён или прозвищ по той же модели. В отличие от, скажем, фамилии Зятьков, у Гыргенова прямая и прозрачная этимология, не требующая дополнительных толкований: человек, предка которого называли Гырген, со временем и стал Гыргеновым.