Фамилия Гыргенов образована от именования Гырген, которое, вероятнее всего, восходит к бурятскому слову «girgen» со значением «зять», «жених». Вполне вероятно, что именование Гырген указывало на семейное положение его носителя. Таким образом, человек, предка которого звали Гырген, со временем получил фамилию Гыргенов.