Фамилия Гергенов — довольно редкая, и её корни ведут сразу в несколько языковых и культурных традиций. Если отбросить очевидные, но маловероятные версии о связи с немецким именем Георг (через диалектное «Герген»), то наиболее убедительным выглядит тюркско-монгольское происхождение. Основа «герген» (или «гэргэн») в бурятском и калмыцком языках означает «учёный», «мудрец», «светоч» или даже «супруга» (в почтительном смысле). В монгольском мире это слово входило в почётные титулы и имена, например, Герген-лама или Герген-хан. Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за ум, образованность или духовный сан.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, характерную для регионов, где тюркские и монгольские народы долго и плотно контактировали с русским населением. Фамилия Гергенов могла закрепиться в среде бурятских казаков, калмыков или татар, перешедших на русскую фамильную систему в XVIII-XIX веках. В этом смысле она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Бадмаев, Доржиев, Уланов, где иноязычная основа получает русское окончание.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от арабского имени Харкан или искажённого «Герген» как варианта имени Герей (Гирей) у крымских татар. Однако в этом случае мы бы ожидали фамилию Гергенев или Гереев. Форма с твёрдым «-ов» и корнем «герген» всё же сильнее привязана к восточносибирскому и южнороссийскому степному ареалу.

Интересно, что фамилия практически не встречается за пределами России и стран бывшего СССР. Это говорит о том, что она не прошла этап массовой эмиграции и осталась локальной. Встретить Гергенова сегодня вероятнее всего в Бурятии, Калмыкии, а также в Астраханской и Иркутской областях. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья, и её носители — потомки людей, которых в своём сообществе называли «учёными» или «почтенными».