Фамилия Гюбиев образована от имени Гюбий, которое является диалектной формой арабского имени Губай. В переводе это имя означает «маленький раб божий» или «ребёнок». Такая форма с переходом «у» в «ю» характерна для некоторых тюркских языков, где арабские заимствования адаптировались под местное произношение.

Само имя Губай — уменьшительно-ласкательный вариант от Абдулла («раб Аллаха»). Поэтому исходный смысл фамилии Гюбиев — «потомок маленького раба божьего», то есть указание на религиозную принадлежность предка, а не на его социальный статус. Слово «раб» здесь означает смиренное служение, а не подневольное положение.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе на -й. Такое оформление типично для фамилий, возникших в среде горских народов Кавказа, в первую очередь осетин и балкарцев, в XIX–XX веках, когда при записи в метрические книги местные имена адаптировали под русские патронимические окончания.

Географически фамилия Гюбиев встречается преимущественно в Северной Осетии и Кабардино-Балкарии. Среди носителей преобладают осетины, хотя изредка она попадается и у других народов региона. Это объясняется тем, что имя Гюбий (Губай) было распространено у мусульманского населения Кавказа, а фамилию фиксировали по отцу — отсюда окончание -ев вместо осетинского -ты или балкарского -лары.

В написании фамилии возможны варианты: Губиев (с сохранением исходного «у») и Гюбиев (с отражением местного произношения). Оба варианта встречаются в документах, но форма с «ю» более характерна именно для осетинской и балкарской передачи арабского имени.