Фамилия Гюнше — одна из тех, что сразу выдают немецкое или скандинавское происхождение носителя. В русском контексте она почти всегда указывает на обрусевших немцев, переселившихся в Российскую империю по приглашению Екатерины II или в более поздние волны миграции. Основа фамилии — немецкое личное имя Günther (Гюнтер), которое в свою очередь восходит к древневерхненемецкому gund (битва) и heri (войско). Таким образом, первоначальное значение — «воин», «боец». Суффикс -е в немецкой модели фамилий часто выполняет уменьшительную или патронимическую роль: Гюнше — это «маленький Гюнтер» или «сын Гюнтера».

Интересно, что в самой Германии фамилия Günther встречается повсеместно, а форма Günsch(e) — заметно реже и локально, чаще в восточных землях (Саксония, Бранденбург) и в регионах, граничащих с Польшей. Это даёт основание предполагать, что предки носителей русской фамилии Гюнше могли быть выходцами именно из этих областей, где немецкое население веками соседствовало со славянским. В России фамилия закрепилась в основном среди поволжских немцев и в среде петербургских ремесленников и чиновников немецкого происхождения.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Она не переоформлялась под славянскую модель, что говорит о сохранении национальной идентичности вплоть до XX века. В документах XIX — начала XX века можно встретить варианты написания: Гюнше, Гюнше, Гюншэ — буква «э» на конце появлялась из-за попыток передать немецкое произношение кириллицей. Носители фамилии в России, как правило, были лютеранами, и их сословная принадлежность колебалась от мещан до купцов и чиновников среднего звена, но не затрагивала дворянство.

В современной России фамилия Гюнше остаётся редкой. Её носители — это потомки тех самых немецких колонистов, которые ассимилировались, но сохранили в фамилии память о своём воинственном пращуре.