Фамилия Иавнишын — один из тех редких случаев, когда написание говорит о происхождении больше, чем звучание. Если произнести её вслух, она звучит как «Явнишын», и именно эта форма — Явнишин или Явнишын — была бы ожидаемой для русской фамилии. Но начальное «Иа» выдаёт церковнославянское или греческое влияние: так в старых документах передавали имя, которое в быту произносили как Яв или Явн.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Иакинф (в просторечии Якинф или Акинф). В народной речи оно сокращалось до форм вроде Явна или Явня, а от них образовалось прозвище Явниш — «сын или потомок Явны». Суффикс -ыш- в русских фамилиях встречается нечасто; он характерен скорее для украинской и белорусской традиции (сравните: Гаврилыш, Иваниш). Если добавить к нему русский патронимический суффикс -ын, получится модель «чей?» — Явнишын, то есть «принадлежащий Явнишу». А форма Иавнишын — это старая орфография, где «Иа» писали по церковному образцу, чтобы подчеркнуть книжное происхождение имени.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, особенно к бывшим территориям Черниговской, Полтавской и Курской губерний. Там, где в XVII–XVIII веках было сильно влияние греческой и киевской учёности, имена в документах часто записывали «по-книжному», а в быту произносили проще. Носитель фамилии Иавнишын, скорее всего, потомок крестьянина или казака, которого в ревизских сказках записали с буквой «И» из уважения к церковному написанию, хотя сам он называл себя Явниш.

Других версий немного. Можно предположить связь с диалектным глаголом «явить» или словом «явный», но тогда фамилия писалась бы через «Я» и без суффикса -ыш. Или возвести к тюркскому имени Явныш, но это маловероятно: суффикс -ын указывает на славянскую патронимическую модель. Самая правдоподобная версия — книжное искажение народной формы имени Иакинф, закрепившееся в документах и ставшее фамилией.