Фамилия Идгенев — редкая и необычная по звучанию. Её основа, скорее всего, не славянского, а тюркского происхождения, что сразу выделяет её из ряда типичных русских фамилий. В русском языке она получила типичный патронимический суффикс -ев, который обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». Таким образом, Идгенев буквально означает «сын Идгена» или «потомок Идгена».

Самое сложное — само имя Идген. Оно не встречается в православных святцах и не является древнерусским. С большой вероятностью, это адаптированное на русской почве тюркское имя или прозвище. Можно разобрать его на части: «Ид» — это, вероятно, сокращённая форма от арабского «Ид» (праздник) или тюркского корня со значением «посылать, отправлять». Вторая часть «-ген» — очень распространённый тюркский компонент, означающий «широкий», «обширный» или выступающий как суффикс принадлежности. Вместе имя могло означать «посланный свыше», «широкий, как праздник» или быть связанным с каким-то конкретным прозвищем, которое со временем забылось.

В России фамилия Идгенев могла появиться у выходцев из татарской, башкирской или другой тюркоязычной среды, которые переходили на русскую службу или крестились. В таких случаях исконное имя или прозвище становилось основой для фамилии, которую давали детям. Географически фамилия могла закрепиться в Поволжье, на Урале или в южных губерниях, где было сильное тюркское влияние. Известный историк фамилий Б.О. Унбегаун в своих работах отмечал, что фамилии на -ев с непрозрачной тюркской основой — один из маркеров сложных этнических процессов в истории русского дворянства и служилого сословия.

Есть и менее вероятная версия, что фамилия могла быть искусственно создана в духовных училищах из греческого или латинского корня, но для этого нет никаких подтверждений. В любом случае, Идгенев — фамилия, которая почти наверняка хранит память о конкретном человеке, носившем необычное для славян имя, и о его пути в русскую культуру.