Фамилия Игисеновы — одна из тех, что ведут начало от тюркских корней, уходящих в эпоху Золотой Орды, печенегов или половцев. В основе лежит мужское мусульманское имя Игисен, широко распространённое в Казахстане. Это имя имеет сложную структуру: первая часть «иги» переводится с казахского как «благородный, добрый, полезный», а вторая — «сен» — означает «красивый, нарядный, изящный». Таким образом, имя Игисен можно осмыслить как «благородный и красивый».

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который присоединился к восточному имени, закрепив его в форме притяжательного прилагательного: Игисенов — буквально «сын Игисена». Проникновение таких нерусских основ в русские фамилии — не редкость: в XV–XVII веках многие дворянские роды в России имели тюркское происхождение, и фамилия Игисенов — один из памятников этого культурного и языкового взаимодействия.

В отличие от многих фамилий, где спорят о корне, здесь основа прозрачна и однозначно указывает на восточного родоначальника. Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались русские и тюркские миры, — Поволжье, Урал, южные степи. Сословно носители могли быть как служилыми людьми, так и крестьянами, но точных данных о конкретных дворянских ветвях Игисеновых нет.