Фамилия Игогнин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, как у большинства «простых» фамилий на -ов или -ин. Первое, что бросается в глаза, — нехарактерное для русского уха сочетание «гогн». Скорее всего, мы имеем дело не с исконно русским корнем, а с искажённой или адаптированной основой, возможно, заимствованной из финно-угорских языков или диалектов Русского Севера.

Самый вероятный путь образования фамилии — от прозвища или мирского имени. Основа могла восходить к слову «гоголь» (птица, нырок) или к диалектному «гогня» — так в некоторых говорах называли нечто выпуклое, шишку или нарост. В этом случае прозвище Игогня (или Игогна) мог получить человек с заметной внешней особенностью. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Игогнин, то есть сын или потомок Игогни. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия — результат слияния двух основ, например, имени Игнатий (в просторечии Игоня) и глухой согласной вставки, или от диалектного глагола «гогнить» (гнусавить, говорить в нос). Однако в этом случае фамилия звучала бы как Игнатов или Игонькин.

Географически фамилия Игогнин могла закрепиться в регионах, где активно смешивались русские и финно-угорские говоры — в Архангельской, Вологодской или Вятской губерниях. Проверить это можно по архивным метрическим книгам, но в открытых источниках фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный и, возможно, угасший характер. Предки носителя могли быть крестьянами или ремесленниками, а прозвище, лёгшее в основу, — бытовым, не связанным с сословием.