Фамилия Игонюшкина — женская форма, а её мужской вариант Игонюшкин. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение стоит искать не в дворянских родословных, а в народной среде, в мире прозвищ и уменьшительных имён.

В основе фамилии лежит личное имя Игоня. Это одна из многочисленных народных, разговорных форм крестильного имени Игнатий (в переводе с латыни — «огненный»). На Руси имя Игнатий «обкатывали» до десятков вариантов: Игнат, Игоня, Игоша, Игуша, Игнаха. Игоня — ласкательная форма, характерная для северных и центральных говоров, где окончание -оня часто придавало имени оттенок простоты и близости.

Суффикс -ушк- (Игонюшка) — это уже вторичное уменьшительное образование. Сначала от Игнатия получили Игоню, а затем к нему добавили ещё один ласкательный суффикс, чтобы получить Игонюшку. Такие «двойные» уменьшительные формы (вроде Ванюшка, Петрушка) в XVI–XVII веках часто становились не просто прозвищами, а основой для фамилий. Они указывали на то, что предка звали не официально, а по-домашнему, в кругу семьи или соседей.

Фамилия Игонюшкин образована по продуктивной модели на -ин, которая закреплялась за основами, оканчивающимися на -а/-я. Она отвечает на вопрос «чей?»: сын Игонюшки. Географически такие фамилии чаще встречаются в бывших владениях Новгорода и в северных районах России, где долго держалась традиция «уличных» фамилий, образованных от обиходных имён.

Интересно, что в письменных источниках эта фамилия почти не фиксируется до XX века. Это говорит о том, что род был крестьянским или мещанским и не попал в ревизские сказки или дворянские родословные книги. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым человеком, которого в деревне знали как Игонюшку — «внука» или «сына» Игната.