Фамилия Иклюшин — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или арабская, прошедшая через русскую обработку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Иклюшин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Иклюша. А вот что такое Иклюша — здесь начинается самое интересное.

Скорее всего, в основе лежит тюркское или арабо-тюркское имя Иклим (или Иклима), которое восходит к арабскому слову «иклим» — климат, область, пояс земли. В мусульманском мире это имя встречается как мужское (Иклим) и женское (Иклима). На русской почве имя Иклим могло превратиться в уменьшительную форму Иклюша (по аналогии с Гаврила — Гаврюша, Кирилл — Кириша). От этой формы и пошла фамилия Иклюшин. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «иклить» — так в некоторых говорах говорили о человеке, который икает или заикается, но эта версия слабее: слишком редкий глагол, чтобы дать устойчивое прозвище.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы (татары, башкиры, чуваши). Там фамилии с тюркскими корнями и русским суффиксом -ин не редкость. Носитель фамилии Иклюшин с большой вероятностью — потомок крещёного татарина или башкира, носившего имя Иклим. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что подтверждает её происхождение от личного имени, а не от массового прозвища.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа: сначала имя Иклим сократили до ласкательного Иклюша (с характерным для русских говоров переходом «м» в «ш» перед суффиксом -уш-), а затем добавили притяжательный суффикс -ин. Получилась компактная и звучная форма, которая сохранила память о дальнем предке с восточным именем.