Фамилия Илахунова — редкий пример, где основа явно не славянская, а тюркская или арабо-персидская, но оформлена она по стандартной русской модели. Сразу смотрим на концовку: суффикс -ов- и окончание -а выдают принадлежность к женскому роду. Мужской вариант, соответственно, Илахунов. Сама фамилия образована от личного имени Илахун, которое состоит из двух частей: «Ила» (сокращение от арабского «Илла» — Бог, Аллах) и тюркского уменьшительно-ласкательного суффикса -хун. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «хун» часто прибавляют к именам, чтобы передать нежность или родственную близость, примерно как русское «-енька» или «-ушка». Получается, Илахун — это что-то вроде «Боженька» или «милый Богу», имя-оберег, которым могли назвать долгожданного или слабого ребенка, чтобы высшие силы его хранили.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркоязычные народы, принявшие ислам: Поволжье (Татарстан, Башкирия), Урал, а также Средняя Азия. В русских документах XIX — начала XX века такие имена фиксировали у крестьян и мещан, когда при переписях людям давали фамилии по имени отца. Если отца звали Илахун, его дети становились Илахуновыми. Интересно, что суффикс -хун в именах встречается нечасто — он более характерен для старых башкирских и татарских антропонимов, чем для современных, так что фамилия может указывать на довольно древнюю родовую ветвь.

С точки зрения ударения, в русском языке обычно ставят на третий слог: Илаху́нова, хотя в оригинальном произношении носителей фамилии ударение может падать на последний слог — Илахуно́ва, ближе к тюркской интонации. Встречаются варианты написания с буквой «а» в начале (Аллахунова), но это уже искажение при записи в паспортных столах. Однокоренных фамилий немного, например, Илахов или Илаев, но Илахунова стоит особняком из-за своего уменьшительного оттенка — таких «ласковых» фамилий в русском ономастиконе единицы.