Фамилия Итахунова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а арабское слово, пришедшее через тюркское посредничество. Корень «ита» или «эта» восходит к арабскому «‘ита’» (عطاء) — «дар», «подарок». Вторая часть «хун» — это типичный для тюркских языков компонент, означающий «хан», «господин», «правитель», но в составе сложных имён он часто выполняет усилительную или уважительную функцию, буквально переводясь как «хан-дар» или «дарованный господином». Таким образом, исходное мужское имя Итахун (или Этагун) означало «дар Божий» или «подарок от хана» — имя с пожеланием ценности и удачи ребёнку.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Итахун добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Итахунова). Это типичный патроним (отчество, ставшее фамилией) для народов Поволжья, Урала и Сибири, которые в XIX–XX веках получали фамилии по отцу через русские суффиксы. Суффикс -ов здесь не случаен: он преобладал в официальных записях, тогда как -ин чаще использовался в регионах с марийским или мордовским населением. Сама фамилия Итахунова — женская форма; мужская — Итахунов.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану и Челябинской области, реже встречается в Татарстане. Это указывает на башкирское или татарское происхождение носителей, у которых имя Итахун (встречающееся в форме Итахан) фиксировалось ещё в дореволюционных метрических книгах. Исламский корень «дар» в сочетании с тюркским титулом «хан» — характерный признак имён, популярных в среде мусульманских народов России в XVIII–XIX веках, когда арабская лексика смешивалась с местной феодальной терминологией.

В отличие от фамилий на -инов или -ский, Итахуновы не принадлежали к дворянскому сословию — это крестьянский или мещанский род, получивший фамилию при переписях населения. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для «молодых» фамилий, закреплённых в советское время. Интересная деталь: в некоторых говорах ударение может падать на второй слог (Ита́хунова), но по правилам орфоэпии фамилий с тюркским корнем чаще ставят ударение на последний слог основы (Итахуно́ва).