Фамилия Илиьн — редкий случай, когда орфография сама подсказывает историю. Обычно такие фамилии пишутся через «я» — Ильин, и в этом варианте они входят в двадцатку самых распространённых русских фамилий. Но написание через «и» (Илиин, Илиьн) выдает старую, дореформенную фиксацию или диалектное произношение, где «и» звучало отчетливее, чем «ь». Фактически это та же самая фамилия, образованная от канонической формы имени Илия — русского варианта библейского Илья.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Илиьн — «чей?» — сын Илии, потомок человека по имени Илья. В крестьянской среде до отмены крепостного права так называли детей без фамилии: Иванов сын, Ильин сын. Позже это отчество закрепилось как наследственная фамилия. Поскольку имя Илья было одним из самых популярных на Руси (благодаря Илье-пророку, покровителю грома и урожая), фамилия Ильин и её варианты встречаются повсеместно, но форма Илиьн географически привязана к северным и сибирским говорам, где «иканье» было нормой.

С точки зрения социального слоя, носители фамилии Илиьн — почти поголовно бывшие крестьяне, реже — духовенство. В среде священников имя Илья давали в честь пророка, но там фамилии часто оформляли через -ский (Ильинский). Поэтому Илиьн — маркер деревенского происхождения, без намёка на дворянство или купечество.

В дореволюционных метриках и переписях эту фамилию могли записывать по-разному: Ильин, Илиин, Илиьн. Последний вариант — самый редкий, он сохранил старую орфографию с твёрдым знаком на конце (Илиьнъ) до реформы 1918 года. После реформы написание упростили, но в некоторых семьях осталось «и» вместо «ь» как дань памяти или описка писаря.

Если вы встретили фамилию именно в таком написании, скорее всего, ваши предки жили в местности, где «и» произносили отчётливо, а документы вели грамотные люди, не стремившиеся подогнать фамилию под общерусский стандарт. Однозначной версии о происхождении от прозвища или профессии нет — основа чисто именная, без дополнительных корней.