Фамилия Ильнер звучит для русского уха необычно — и это не случайно. Скорее всего, её корни ведут в Германию. Основа фамилии — гидроним Ильн, название реки, протекающей рядом с Магдебургом. Выходца с берегов этой реки могли прозвать Ильнером, то есть «человеком с Ильна». Подобная модель образования фамилий по месту жительства типична для немецкой ономастики.

Есть и другие версии. Возможно, в основе лежит топоним Эллен (тоже в Германии) или Ельня в Белоруссии. В таком случае фамилия указывала бы на переселенца из этих мест. Поскольку единого мнения о происхождении нет, все три варианта имеют право на существование, но немецкая версия с рекой Ильн выглядит наиболее прямой.

На территории России фамилия Ильнер встречается редко и локально. Например, в документах Ростовской области упоминаются Авлерия Ивановна Ильнер (1915 г.р.), Андрей Матвеевич Ильнер (1923 г.р.) и Анна Христофоровна Ильнер (1921 г.р.) — все уроженцы колхоза «Объединенный Труд» Красногвардейского района. Это говорит о том, что носители фамилии держались вместе, возможно, составляли одну семейную или соседскую общину.

Суффикс -ер в фамилии Ильнер — типичный немецкий формант, обозначающий принадлежность к местности или занятию. В русском языке такой суффикс нехарактерен, что ещё раз подтверждает иноязычное происхождение. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни.