Оно может быть связано с гидронимом Ильн. Так называется река в Германии, протекающая рядом с Магдебургом. Возможно также, что прозвище Ильнер связано с топонимами Эллен, что в Германии, или Ельня, что в Белоруссии. Так могли назвать выходца с берегов реки Ильн или из населенных пунктов Эллен, Ельня. Так, в документах Ростовской области упоминаются Авлерия Ивановна Ильнер, родившаяся в 1915 году,Андрей Матвеевич Ильнер, родившийся в 1923 году, Анна Христофоровна Ильнер, родившаяся в 1921 году. Все они были уроженцами к-з Объединенный Труд, Красногвардейского района.