Фамилия Имешкенов — редкий случай, когда географическая привязка проясняет значение лучше, чем морфологический разбор. Её основа, «Имешкен», почти наверняка происходит от названия населённого пункта. В Башкортостане есть деревня Имешкен (Имешкеново) в Кугарчинском районе. Житель такой деревни, переселившийся в другое место, получал прозвище по месту прежнего жительства, а его дети уже записывались Имешкеновыми. Формант «-ов» здесь указывает на принадлежность: «сын того, кто из Имешкена».

Само название деревни, скорее всего, восходит к тюркскому слову «имешкен» или диалектному варианту. В башкирском и татарском языках «имешкен» — это растение, разновидность полыни или осоки. Такое название для селения — обычная практика: поселение называли по характерной особенности местности, в данном случае — по обилию этой травы.

Версия о происхождении от личного имени менее вероятна. В мусульманских именах корня «имеш-» нет, а попытка вывести фамилию от глагола «иметь» (в смысле «имеющий») — народная этимология, которая не выдерживает критики: русский глагол не объясняет специфический суффикс «-кен» в основе.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что топонимическая основа «Имешкен» не усекается и не русифицируется, а целиком входит в фамилию с типичным русским патронимическим суффиксом. Это указывает на сравнительно позднее оформление фамилии, когда географическое прозвище уже закрепилось.

Имешкеновы — почти наверняка выходцы из Башкортостана или прилегающих районов Оренбуржья. Фамилия остаётся локальной и малочисленной, что подтверждает её связь с конкретным топонимом, а не с широко распространённым именем или прозвищем.