Фамилия Имескенова — редкая и неочевидная для русского уха. Её форма сразу выдает нерусское происхождение: суффикс -ов(-а) здесь присоединен к основе, которая не является ни славянским именем, ни прозвищем. В русской ономастике так оформляли фамилии из тюркских, монгольских, кавказских языков, где исходное слово часто означало личное имя, род занятий или географическую привязку.

Основа «Имескен» — скорее всего, антропоним. Наиболее вероятная версия связывает её с казахским или другим тюркским языком. В казахском есть слово «емес» (не, не является) и аффикс -кен, который может указывать на происхождение или принадлежность. Однако проще и правдоподобнее разобрать «Имескен» как сложное имя, где первая часть восходит к «имес» (в значении «не такой, иной»), а вторая — к древнетюркскому «кен» (широкий, обширный; также — человек). В целом имя могло означать «необычный человек» или «чужеземец». Встречаются и единичные упоминания, что «Имескен» — это вариант имени «Емескен» (от «емес» + «кен»), бытовавшего у казахов и башкир.

Фамилия оформилась по русской модели: к основе добавили патронимический суффикс -ов (женский вариант -ова), что типично для фамилий, созданных в XIX–XX веках при переходе на оседлость и паспортизацию. Носители фамилии Имескенова — это, скорее всего, потомки казахов, башкир или татар, чей предок носил личное имя Имескен (или Емескен). Географически фамилия встречается в Казахстане, Оренбургской и Астраханской областях России, а также у казахов, переселившихся в Монголию и Китай.

Суффикс -ов в данном случае не указывает на русское боярское или крестьянское происхождение — это чисто административная калька. В отличие от фамилий на -ин или -ский, здесь нет привязки к владельческому селу или церковному приходу. Фамилия Имескенова — пример того, как тюркское имя, попав в русское делопроизводство, обрело привычную форму, но сохранило свою исходную семантику.

Других версий, например, монгольской или калмыцкой, мало — в этих языках нет прямых аналогов основы «имескен». Так что корни фамилии стоит искать именно в тюркской среде, а не в степях Центральной Азии.