Фамилия Имидоева — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем этимология. Основной ареал фамилии — Бурятия и Иркутская область, а её носители в подавляющем большинстве — буряты. Это сразу подсказывает, что корень фамилии нужно искать не в славянских, а в тюркских или монгольских языках.

Словообразовательная модель проста: основа «Имидой» плюс типичный для русской фамилии суффикс -ев (женский вариант — -ева). Суффикс указывает на принадлежность: «из рода Имидоя». Мужская форма фамилии — Имидоев. Сама основа «Имидой», скорее всего, является русифицированной формой бурятского имени или прозвища. В бурятском языке есть имя Эмид (или Эмидэй), которое восходит к тибетскому «амид» — «бессмертный», «нетленный». Это буддийское имя, связанное с представлением о долгой жизни или духовном бессмертии. Переход «э» в «и» на письме — частое явление при адаптации нерусских имён в официальных документах XIX–XX веков.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским корнем «имид» (или «емид») в значении «надежда». В таком случае фамилия могла бы быть прозвищем, данным ребёнку, на которого возлагали большие надежды. Однако для бурятской среды буддийская версия с именем Эмид выглядит убедительнее.

Исторически предки Имидоевых были, скорее всего, простыми скотоводами или охотниками из родовых общин Забайкалья. Фамилия закрепилась в метрических книгах и переписях в конце XIX — начале XX века, когда бурятам массово присваивали русские фамилии по имени отца. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным купеческим династиям у этой фамилии нет — это типичная крестьянская или казачья фамилия восточносибирского региона.