Фамилия Имишкеев — редкий пример, где географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачность корня. Она почти наверняка восходит к тюркскому личному имени Имишкей (или Имишке), которое в свою очередь образовано от глагола со значением «сосать», «кормиться грудью» (др.-тюрк. em-). В тюркской антропонимии такие имена давали младенцам, которые долго не отлучались от груди, или в качестве охранительного имени — чтобы обмануть злых духов, показав ребёнка беспомощным и не стоящим внимания. Формант -ей/-кей — уменьшительно-ласкательный суффикс, характерный для башкирского и татарского именослова.

Русский суффикс -ев присоединился к основе уже на русской почве, когда фамилию фиксировали в документах. Модель образования стандартна: имя Имишкей → Имишкеев — «сын Имишкея». Фамилия оформилась в среде крещёных татар или башкир, перешедших в православие, либо в результате межэтнических контактов в Поволжье и Приуралье. На это указывает и сохранение начального И- (в русской адаптации тюркских имён часто появлялось А- или Е-), и характерный суффикс -кей, который редко встречается за пределами башкиро-татарского ареала.

Интересно, что в современных башкирских фамилиях форма Имишкеев встречается крайне редко — чаще встречаются варианты Имишев, Имишов, образованные от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Это говорит о том, что носители фамилии Имишкеев, скорее всего, принадлежали к группе мишарей или тептярей — сословий, активно контактировавших с русским населением и рано принявших фамилии по русскому образцу. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний XIX века можно найти единичные записи Имишкеевых, но массового распространения фамилия не получила.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Семантика исходного имени — «сосущий грудь» — не указывает на профессию или социальный статус, а отражает архаичную именную традицию, где имя служило оберегом.