Фамилия Индрупский имеет, вероятно, балтийскую основу. Скорее всего, оно состоит из двух литовских слов: indas – «посуда, сосуд» и ruopti – «ковырять, долбить». Таким образом, прозвище Индруп мог получить человек, делавший деревянную посуду. Менее вероятно, что эта фамилия восходит к эстонским словам ind – «вдохновение, восторг» и rups – «потроха». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Индруп, со временем получил фамилию Индрупский.