Фамилия Индукаева — женская форма от Индукаев, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя, связанное с тюркскими корнями, что типично для фамилий, распространённых среди народов Поволжья, Приуралья и Кавказа. На это указывает суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы), который в русской модели фамилий присоединяли к основам на -й или мягкий согласный.

Самая вероятная версия — от тюркского слова «индук» или близкого к нему. В татарском и башкирском языках есть основа «индек», означающая «метка», «знак», «клеймо». Прозвище Индукай мог получить человек, который ставил метки на скоте или имуществе, либо тот, кто имел особую примету — родинку, шрам. В тюркской ономастике такие прозвища нередко переходили в фамилии без изменений, а русский суффикс -ев закрепил их в документах.

Менее распространённая гипотеза — связь с личным именем Индука, которое могло быть производным от арабского «индика» (инжир) или диалектного варианта имени Индус. Однако эта версия слабее: имя Индус в тюркской среде встречается, но как основа для фамилии Индукаев встречается редко и обычно фиксируется в единичных записях XIX века.

Географически фамилия Индукаев (и Индукаева) чаще всего встречается в Чечне, Ингушетии и Дагестане, а также среди татар и башкир. Это указывает на то, что носители фамилии могли быть выходцами из горских или степных общин, где прозвища по внешним признакам или занятиям были нормой. Социальный слой — в основном крестьяне или ремесленники, так как дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах не значится.

Особенность фамилии — её редкость и отсутствие однозначной славянской этимологии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, здесь нет связи с крестильным именем или профессией из центральной России. Это типичный пример фамилии, которая «пришла» в русский язык через межэтнические контакты, сохранив звучание исходного прозвища.