Фамилия Инилеева — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, скорее всего, не русская, а тюркская, что типично для фамилий, возникших на стыке культур, особенно в Поволжье и Приуралье. Суффикс -ев (женская форма -ева) указывает на патронимическую модель: «чей?» — Инилеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Инилей.

Самое правдоподобное объяснение корня — от тюркского мужского имени Инилей. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «ини» (или «ине») означает «младший брат», «младший родственник», а аффикс -лей мог придавать значение принадлежности или ласкательности. Таким образом, Инилей — это, вероятно, «младшенький», «малыш», «братишка». Такое имя-прозвище могли дать младшему сыну в семье или невысокому, молодому мужчине. Фамилия Инилеева могла возникнуть у татар, башкир, чувашей или у русских, долго живших в тюркоязычном окружении и перенявших местные имена.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным русским словом «инилей», которое в некоторых говорах означало «иней», «изморозь». В таком случае фамилия была бы прозвищем человека с седыми волосами или холодным, отстранённым характером. Однако тюркская версия надёжнее: у неё есть прямая параллель в антропонимии (имя Инилей встречается в метрических книгах XIX века у татар), тогда как русская основа «иней» дала бы фамилию Инеев, Инеевых, а не с редким формантом -илеев.

Географически фамилия Инилеева встречается точечно, в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это подтверждает её региональный, а не общерусский характер. Сословные рамки определить сложно: носители могли быть как государственными крестьянами, так и мещанами, но с большой вероятностью — выходцами из смешанных русско-тюркских поселений.

В написании фамилии стоит обратить внимание на безударную гласную в корне: правильное написание — Инилеева, а не Инеелева или Инилиева. Встречающийся иногда вариант Инилеев (без суффикса -ев в мужской форме) — ошибка, так как фамилия образована от основы Инилей, а не Инил.