Фамилия Инилеевы, скорее всего, имеет тюркские корни, что роднит её с целым пластом известных русских фамилий дворянского происхождения. По той же модели, что и Тургенев (от тюркского «турген» — быстрый) или Аксаков (от «аксак» — хромой), фамилия Инилеев образована от прозвища или имени Инилей. В основе лежит тюркское слово «ини» — младший брат, младший родственник. Суффикс -лей мог указывать на принадлежность или ласкательную форму, так что Инилей — это, вероятно, «младшенький» или «тот, кто приходится младшим братом».

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ев, отвечая на вопрос «чей?»: сын Инилея, потомок Инилея. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в среде служилых людей, которые нередко получали прозвища от тюркских языков. Можно предположить, что предок носителей фамилии был выходцем из тюркской среды, возможно, татарином или башкиром, который перешёл на русскую службу и был записан по своему родовому или личному имени.

Хотя фамилия Инилеев и представляет собой памятник восточной культуры, её бытование в России имеет давнюю историю. Она встречается в документах по Симбирской и Самарской губерниям, что указывает на регион Среднего Поволжья как на возможную зону расселения рода. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических изысканий, но её основа ясна: за ней стоит прозвище, данное младшему в семье, которое со временем стало родовым именем.