Фамилия Инкогнито — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение лежит не в народной среде, а в книжной, искусственной традиции. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от прозвищ, имён или профессий, эта фамилия — прямая калька с латинского incognitus, что значит «неизвестный, неузнанный». В русский язык слово «инкогнито» пришло через западноевропейские языки в XVIII веке и первоначально означало человека, скрывающего своё имя, — чаще всего знатную особу, путешествующую тайно.

Как могла появиться фамилия? Самая вероятная версия — семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «говорящие» фамилии при поступлении, часто на латинской или греческой основе. Фамилия Инкогнито могла достаться ученику, который по какой-то причине не назвал своего настоящего имени или был подкидышем, чьё происхождение осталось неизвестным. Такая фамилия — не прозвище, а канцелярский ярлык, призванный заполнить пробел в документах.

Другая, менее вероятная гипотеза — происхождение от псевдонима. В дворянской или творческой среде XIX века человек мог взять себе фамилию Инкогнито, желая подчеркнуть таинственность или скрыть настоящее родовое имя. Однако массовых подтверждений эта версия не имеет: фамилия крайне редка и не встречается в старых переписных книгах, что указывает на её позднее, искусственное возникновение.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме латинского наречия, что делает её уникальной среди фамилий славянского происхождения. В России и странах бывшей империи носителей фамилии Инкогнито — единицы, и почти все они, судя по архивным данным, связаны с духовным сословием или людьми, получившими фамилию при усыновлении или перемене имени.

Географически фамилия не привязана к определённому региону: она встречается точечно в центральных губерниях и на юге, но никогда не образует гнёзд. Это не фамилия рода, а скорее метка одного человека, которая случайно закрепилась за потомками. Сегодня она воспринимается как литературная или даже ироничная, но в XIX веке для её носителя это был приговор к вечному вопросу: «А кто ты на самом деле?»