Фамилия Иноходова (мужская форма — Иноходов) образована от прозвища Иноход. В основе — слово «иноходь», особый вид аллюра, при котором лошадь переставляет ноги не крест-накрест, а параллельно — сначала обе левые, потом обе правые. Иноходь ценилась за удобство для всадника: при такой походке лошадь меньше трясет. Прозвище Иноход могли дать человеку, который ходил необычной, «неправильной» походкой — вперевалку, с характерным раскачиванием, или же тому, кто славился быстрой и плавной ходьбой, как иноходец.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев притяжательный, указывает на принадлежность — «сын Инохода». Встречаются однокоренные фамилии Иноходцев, Иноходкин, но Иноходов — самая распространенная. В документах XVII–XVIII веков, например в переписных книгах, нередко фиксировали крестьян и посадских людей с таким прозвищем. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Иноход Григорий, крестьянин, живший в середине XVI века в Новгородской земле, что подтверждает древность основы.

Географически фамилия Иноходова встречается неравномерно. По данным современных телефонных справочников и баз, носители чаще всего живут в Центральной России (Московская, Владимирская, Нижегородская области) и на Урале (Свердловская область). В южных регионах и Сибири она редка. Социальный состав предков — преимущественно крестьянство, реже — казачество, так как на Дону иноходь была особенно в ходу.

Спорных версий происхождения немного. Иногда пытаются связать фамилию с конским ремеслом — что предок был конюхом или коневодом, знающим толк в иноходцах. Но прозвищная природа (по походке) выглядит правдоподобнее: в русской ономастике множество фамилий от манеры ходьбы — Хромов, Шагаев, Походов. Иноходов — один из таких «шагающих» примеров, только с более редким и точным словом.