Фамилия Иноценко сразу выделяется нехарактерным для восточнославянских фамилий корнем. Если подавляющее большинство фамилий на -енко образовано от крестильных имён (Иващенко, Гриценко) или прозвищ (Коваленко), то здесь основа звучит как латинское слово. Это прямо указывает на её происхождение: Иноценко — украинская фамилия, образованная от имени Иннокентий через его народную, «облегчённую» форму Иноцентий или Иноцен.

В церковной среде имя Иннокентий (от лат. innocens — «невинный», «безвредный») было распространённым, особенно среди духовенства. В бытовой речи, где длинные имена часто сокращали, «Иннокентий» превращалось в Кеша, Кена, а в украинском говоре — в Иноцен. Суффикс -енко, типичный для Поднепровья и Левобережной Украины, означал «малый», «потомок» или «сын». Таким образом, Иноценко — это буквально «сын Иннокентия» или «маленький Иннокентий».

Словообразовательная модель здесь нестандартна: от полного имени отсекли часть, но не добавили уменьшительного суффикса (как в Иночкин), а сразу присоединили патронимический формант. Это говорит о том, что фамилия возникла не в крестьянской среде, где чаще использовали бытовые формы вроде Инютин, а скорее среди казачества или мещан, где ценилась точность и фиксация полного имени отца.

Географически фамилия Иноценко редкая и привязана в основном к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. Встречается она и в южных регионах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. Поскольку имя Иннокентий было особенно популярно среди священников, можно предположить, что основатель рода был либо сыном священника, либо сам носил это имя, полученное при крещении в честь святого.

В отличие от фамилий Иночкин или Инокентьев, Иноценко сохранила живую народную огласовку. Она не прошла через книжную норму, а закрепилась в устной речи, что делает её ценным свидетельством того, как латинское имя адаптировалось в украинской языковой среде.