Фамилия Иноченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей Гетманщине и Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын» или «потомок», поэтому Иноченко — это буквально «сын Иночи» или «потомок Иночи».

Основа фамилии — Иноча — скорее всего, производная от канонического имени Иннокентий. В народной речи это имя часто сокращали и видоизменяли: Кеша, Инюта, Иноша, Иночка. Форма Иноча могла возникнуть как ласкательное или обиходное обращение к Иннокентию, закрепившееся за человеком в быту. В таком случае фамилия Иноченко означает «потомок того, кого звали Иночей», а предок носителя был, вероятно, крестьянином или казаком, носившим имя Иннокентий в его просторечной форме.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «иноча» или «иноч», которое в некоторых говорах означало «отшельник» или «монах». Если это так, то прозвище Иноча могли дать человеку уединённого нрава или тому, кто по какой-то причине ассоциировался с монашеской жизнью. Однако эта гипотеза слабее, так как корень «ино-» (от «иной») в прозвищах встречается редко, а имя Иннокентий было очень распространено в православной среде.

Фамилия Иноченко — редкая, она не входит в число массовых украинских фамилий, что указывает на её локальное происхождение. Встречается она преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в России. Носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где когда-то жил человек по имени или прозвищу Иноча. Сословной привязки у фамилии нет: по модели -енко её могли получить и казаки, и крестьяне, и мещане.