Фамилия Инченко — типичный пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко, означающего «сын» или «потомок». В основе фамилии лежит не полное каноническое имя, а его обиходная, сокращенная форма. Речь идет о крестильном имени Иннокентий (от латинского innocentius — «невинный»). В повседневной речи на Руси и в Украине это имя часто редуцировали до простых и удобных вариантов: сначала до Инка, а затем до Инча.

Таким образом, Инченко буквально означает «сын Инчи», где Инча — это уменьшительно-ласкательное или бытовое прозвище человека по имени Иннокентий. Подобный путь словообразования (Иннокентий → Инча → Инченко) типичен для украинской ономастики: так же появились, например, фамилии Вакуленко (от Вáкула, формы имени Вукол) или Панченко (от Панько, формы имени Панкратий).

С точки зрения географии, фамилия Инченко наиболее характерна для центральных и восточных областей Украины, а также для юга России, куда она попала с волнами переселения украинского крестьянства в XVIII–XIX веках. Встречается она реже, чем, скажем, Иващенко или Тимошенко, что объясняется сравнительной редкостью самого имени Иннокентий в народной среде — оно чаще бытовало в церковной и монашеской традиции. Тем не менее, именно эта связь с именем святого придаёт фамилии особый оттенок: небесным покровителем носителей фамилии считается святой Иннокентий (Вениаминов), митрополит Московский и Коломенский, просветитель Сибири, Дальнего Востока и Америки. Его почитание могло косвенно влиять на популярность имени в некоторых регионах, особенно среди духовенства и старообрядцев.

Если же говорить о более редкой версии, то в некоторых случаях основа «Инч-» могла быть связана не с именем, а с прозвищем от диалектного глагола или существительного (например, в южных говорах «инча» могло означать что-то иное, ныне утраченное). Однако это лишь гипотеза, не имеющая под собой прочной документальной основы. Основная и самая убедительная версия — происхождение от имени Иннокентий через форму Инча.