Фамилия Иновер — редкий случай, когда прозвище не просто характеризует человека, а маркирует его как «чужого» в религиозном смысле. Основа здесь прозрачна: «иновер» — человек другой веры, не православный. В старообрядческой среде так могли назвать и никонианина, а в православной общине — католика, лютеранина или мусульманина.

Словообразовательная модель нестандартна. В русских фамилиях редко встречается основа-существительное без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Фамилия Иновер стоит в чистой форме, как прозвище, которое так и закрепилось в документах. Это указывает на то, что прозвище было ёмким и самодостаточным — его не требовалось переделывать в притяжательную форму. Вероятно, предок получил его в среде, где межконфессиональные контакты были делом обычным: на границе этнических или религиозных территорий, в купеческой среде, торговавшей с иноземцами, или в районах со смешанным населением.

География фамилии подсказывает, где это могло произойти. Иноверы встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где веками жили рядом православные, старообрядцы, татары-мусульмане и язычники. Там прозвище «иновер» было рабочим, бытовым, а не оскорбительным. В центральных губерниях, где преобладало однородное православное население, такая фамилия почти не фиксируется.

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть как семинарская. В духовных училищах детям священников иногда давали «говорящие» фамилии по церковным понятиям — Благочестивый, Боголюбов, Иноверов. Однако в этом случае форма почти всегда была бы суффиксальной (Иноверов), а не нулевой. Чистое «Иновер» — скорее народное, не книжное.

Сравните с однокоренными фамилиями: Иноверцев, Иноверский. Первая — явно от прозвища по отцу («чей сын?»), вторая — возможна как польская или украинская форма. Иновер же стоит особняком: он короче, грубее и прямее. Носитель такой фамилии в XVIII–XIX веках почти наверняка происходил из крестьян или мещан, живших в многоконфессиональной местности, и его предка записали в ревизские сказки по прозвищу, которое не давали, а носили.