Фамилия Иоденис звучит нехарактерно для русской традиции, и это не случайно. Она почти наверняка происходит из литовского или жемайтского ареала, а её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Формант -ис (-is) в литовском языке — это типичное окончание именительного падежа существительных мужского рода, которое в русской среде закрепилось как часть фамилии. Перед нами не русифицированная версия, а фамилия, сохранившая оригинальное литовское окончание: Иоденис, а не Иоденев или Иоденин.

В основе лежит личное имя или прозвище Iodė, Iodis. Это может быть производное от христианского имени Иод (Jodas, Jodė) — литовской формы библейского Иода, которое встречается в родословиях. Однако более вероятна связь с литовским глаголы joti — «ехать верхом», «скакать». Тогда Иоденис — это патроним (отчество) от прозвища всадника, наездника. Суффикс -ėnas (или -onis) в литовском языке образует фамилии по модели «сын такого-то» или «происходящий от». Иоденис буквально означает «сын Иодиса» или «потомок того, кого звали Иодис».

Географически фамилия тяготеет к востоку Литвы и приграничным районам Беларуси, где исторически жили литвины. В России она редка и встречается точечно, чаще всего у потомков переселенцев из Северо-Западного края Российской империи. Сословно носители могли быть как крестьянами, так и мещанами или однодворцами — литовские патронимы на -ис в XIX веке были распространены во всех слоях, кроме высшей аристократии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Иодис, Йодис, Иоденас) показывает, что Иоденис — именно отчество, а не прозвище. Встречается также вариант с удвоенной основой Иоделис, что указывает на уменьшительную форму исходного имени. Споров о происхождении почти нет: литовская модель прозрачна, и альтернативные версии вроде связи с немецким Jod (йод) или еврейским именем Йегуда лингвистически слабы — окончание -енис нехарактерно для немецкого или идиша.