Фамилия Иокубаускас — литовского происхождения, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -аускас (лит. -auskas) — один из характерных патронимических суффиксов в литовской ономастике. Он указывает на происхождение от отца или предка: примерно как русское «-ович» или польское «-овиц». В основе фамилии лежит личное имя Иокубас — литовская форма библейского имени Иаков (в русской традиции — Яков). Таким образом, Иокубаускас буквально означает «сын Иокубаса» или «потомок Якова».

В Литве фамилии с суффиксом -auskas особенно распространены в историческом регионе Жемайтия (северо-запад страны). В XIX веке, когда литовцам предписывали русифицировать фамилии, многие носители таких окончаний меняли их на русские аналоги — например, Иокубаускас мог превратиться в Иокубов или Якубов. Поэтому в современных российских архивах можно встретить вариацию Иокубаускас или Якубаускас — обе восходят к одному корню.

Редкость фамилии в том, что её литовская модель образования сохранилась в русском бытовании почти без изменений. В отличие от многих балтийских фамилий, которые адаптировали под славянские суффиксы (-ов, -ин), Иокубаускас остался «чистым» литуанизмом. Это говорит о том, что предки носителя, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками из западных губерний Российской империи — в среде образованного дворянства такие фамилии обычно русифицировали быстрее.

Имя Яков (Иокубас) в Литве было популярно с принятием христианства, но широкое распространение получило в XVI–XVII веках. Соответственно, фамилия Иокубаускас могла сложиться не раньше середины XVII века, когда в Литве окончательно закрепилась традиция передавать прозвище от отца к сыну. Сегодня носителей этой фамилии можно встретить не только в Литве, но и в России, Беларуси, Латвии — как следствие миграций и переселений XIX–XX веков.