Фамилия Ионайтис — яркий представитель литовского ономастикона, адаптированный русским языком. Её основа — личное имя Ионас, литовский аналог библейского имени Иона (в переводе с древнееврейского — «голубь»). Суффикс -айтис (-aitis) — один из самых распространённых патронимических суффиксов в литовском языке, указывающий на происхождение от отца. Таким образом, Ионайтис буквально означает «сын Ионаса» или «потомок Ионаса». Это классическая модель образования литовских фамилий, аналогичная русским фамилиям на -ов/-ев или -ин.

Интересно, что в русской среде эта фамилия могла подвергнуться фонетической русификации: ударение часто смещается на последний слог, а само написание закрепляется с окончанием -ис, что характерно для записи литовских фамилий в документах Российской империи. В самой Литве фамилия пишется как Jonaitis, и её носители сосредоточены преимущественно в северных и центральных регионах страны, особенно в Жемайтии и Аукштайтии.

В истории фамилии прослеживается и социальный контекст. Массовое закрепление литовских фамилий с суффиксом -айтис произошло относительно поздно, в XIX веке, в ходе административных реформ. До этого литовцы часто обходились прозвищами и отчествами. Поэтому носители фамилии Ионайтис — это, скорее всего, потомки крестьян или мелких ремесленников, чьи предки не принадлежали к шляхте (у знати были иные модели фамилий, например, на -ич или польские окончания). Среди редких вариантов написания встречается Ионайтис с буквой «ё» в корне, что отражает местное произношение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в Литве есть и Ионавичюс (Jonavičius), образованный от того же имени, но с другим, более «шляхетским» суффиксом. Ионайтис же — демократичная, массовая фамилия, говорящая о простом происхождении и прочной связи с литовской языковой традицией.