Фамилия Ионье — редкая и неочевидная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычные модели русских фамилий на -ов, -ин и обратиться к иноязычным корням. Скорее всего, перед нами не русская, а западноевропейская или прибалтийская фамилия, адаптированная на русской почве.

Наиболее вероятная версия — фамилия французского или швейцарского происхождения. В основе лежит имя Ионья (Ionya, Jonie) — вариант библейского имени Иона (Jonas). Во французском языке фамилии, оканчивающиеся на -ье, часто указывают на место происхождения или род занятий. Суффикс -ье (фр. -ier) мог обозначать «тот, кто связан с чем-то» или «житель такой-то местности». Однако в данном случае проще: Ионье — это патроним, то есть фамилия, образованная от имени отца. В Швейцарии и восточной Франции фамилия Jonie или Ionie встречается в документах XVII–XVIII веков, её закрепили за потомками человека по имени Ион.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — фамилия молдавская или румынская. В румынском языке суффикс -е (как в фамилиях Ионеску, Ионел) указывает на принадлежность. Ионье могло возникнуть как сокращённая форма от Ионеску («сын Иона») или как прозвище, означающее «маленький Ион». Эта версия подкрепляется тем, что в Бессарабии и на юге Украины (Одесская область) встречаются фамилии Ион, Ионя, Ионенко. Фамилия Ионье могла попасть в Россию вместе с переселенцами из Молдавии или с французскими колонистами, которых приглашали в XVIII–XIX веках.

География бытования фамилии в России крайне узкая. По данным открытых источников, носители фамилии Ионье сосредоточены в основном в Москве и Санкт-Петербурге, а также в Крыму. Это наводит на мысль, что фамилия не была широко распространена в крестьянской среде, а скорее принадлежала горожанам, возможно, потомкам иностранных специалистов или обрусевших дворянских родов. В дореволюционных метрических книгах фамилия Ионье встречается среди православных греков и обрусевших французов, живших в Одессе и Севастополе.

Если отбросить экзотические версии, то самое правдоподобное объяснение: фамилия Ионье — это русифицированная форма французской фамилии Jonie, означающая «сын Ионы». Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были выходцами из Западной Европы (Франция, Швейцария) или из молдавских земель, которые в XIX веке переселились в Российскую империю. Ударение, судя по произношению в русском языке, падает на последний слог: Ионьé.