Фамилия Ионидис — одна из тех, что сразу указывает на греческое происхождение. Её выдают суффикс и огласовка: окончание -идис (иногда -иди, -адис) — типичный патронимический формант новогреческого языка. Он означает «сын» или «потомок», то есть Ионидис буквально переводится как «сын Ионы». В этом фамилия схожа с русскими фамилиями на -ов/-ев или -ин, но работает по другим словообразовательным законам.

Основа фамилии — имя Иона. В русской и греческой традиции это библейское имя, восходящее к древнееврейскому «йона», что означает «голубь». Голубь в христианской символике — образ мира и Святого Духа, поэтому имя было распространено в среде духовенства и простых верующих. Есть и другое толкование — «терпеливый», отсылающее к библейскому пророку Ионе, который провёл три дня во чреве кита. Какая из версий верна для предка конкретного Ионидиса, сказать трудно, но обе возможны.

В Греции фамилии на -идис особенно характерны для Понта — исторической области на черноморском побережье Малой Азии. После греко-турецкого обмена населением в 1920-х годах многие понтийские греки переселились в Грецию, а позднее — в Россию и другие страны. Так что носитель фамилии Ионидис с высокой вероятностью имеет понтийские корни.

В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода второго склонения: Ионидиса, Ионидису, Ионидисом. Женский вариант, по правилам, не склоняется, если принадлежит женщине. На письме фамилия устойчива — её не меняли при адаптации, сохранив греческое окончание, что отличает её от русифицированных вариантов вроде Ионидов или Ионин.

Таким образом, фамилия Ионидис — это не просто «голубь» или «терпеливый», а указание на происхождение от человека по имени Иона, с чёткой географической привязкой к греческому миру, скорее всего понтийскому.