Фамилия Ионинская (а также Ионинский) образована от крестильного имени Иона. В переводе с древнееврейского оно означает «голубь» или «терпеливый». Это имя вошло в православный календарь благодаря библейскому пророку Ионе, и его носили многие святые, поэтому оно было распространено на Руси с принятием христианства.

Фамилия образована по типичной для восточных славян модели: к основе Ионин- добавлен суффикс -ский. Этот суффикс изначально был характерен для польской шляхты и западнорусских земель, а затем закрепился в украинской и русской фамильной традиции. В отличие от простых фамилий на -ов/-ев или -ин, фамилии на -ский часто указывали на принадлежность к дворянскому или духовному сословию, хотя могли возникать и у простых крестьян, переселившихся в другую местность.

Вероятнее всего, фамилия Ионинские начала оформляться в XIV–XVI веках, когда активно складывалась фамильная система на землях Речи Посполитой и Великого княжества Литовского, куда входили современные украинские и белорусские территории. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода можно лишь на основании генеалогических исследований, но ясно, что в основе фамилии лежит церковное имя, а сама модель указывает на регион её бытования — скорее всего, западные или юго-западные земли Руси.

Примечательно, что фамилия Ионинские — редкая. Она почти не встречается в массовых списках, а значит, могла принадлежать одному роду, который долго сохранял фамильную форму без изменений. Сравните с однокоренными Ионин, Ионов, Ионичев — они образованы другими суффиксами и встречаются чаще. В данном случае суффикс -ский как раз и делает фамилию отличимой, указывая на возможное дворянское или священническое происхождение предков.