Фамилия Иоинская (мужской вариант — Иоинский) — редкий пример фамилии, в основе которой лежит библейское имя Иоя. Ветхозаветный Иоя упоминается в Книге Царств как отец Дана, одного из потомков исполинов, который выполнил поручение царя Давида — погреб истлевшие останки сыновей Саула в родовой гробнице. Имя Иоя, скорее всего, не самостоятельное, а сокращённая форма от Иоанн (с древнееврейского — «Божия благодать») или вариант имени Иоиль («божественный»). Встречается и прямое толкование корня «ио» как «благо».

Фамилия построена по модели отчества второго порядка: Иоинский — это «сын Иоина, внук Иои». Формант -ский в данном случае не указывает на географическую принадлежность (как у дворянских фамилий), а выполняет роль притяжательного суффикса, характерного для ашкеназских фамилий. У евреев Восточной Европы такие модели встречались реже, чем типичные -сон, -зон, -ман или -штам, что делает Иоинских необычным памятником именно еврейской ономастики.

Односложное имя Иоя могло в быту обрастать дополнительными суффиксами — отсюда и появилось промежуточное Иоин. Фамилия могла закрепиться в черте оседлости, но точное место и время её возникновения без генеалогических изысканий назвать трудно: процесс формирования фамилий у еврейских общин был долгим и не всегда привязан к одной местности.